กองกลาง เป็นหน่วยงานระดับกองที่จัดตั้งขึ้นตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย ปี พ.ศ. 2534 เป็นหน่วยงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี โดยเมื่อปี พ.ศ. 2534 ทบวงมหาวิทยาลัยโดยประกาศแบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร คือ กองกลาง กองกิจการนิสิต กองบริการการศึกษา และกองแผนงาน
กองกลาง มีภารกิจหลักในการเป็นศูนย์กลางการประสานงานทั้งหน่วยงานภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย เป็นศูนย์กลางการรับส่งหนังสือราชการทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย เป็นศูนย์กลางการเผยแพร่ข้อมูลข่าวสาร การสื่อสารองค์กร และจัดพิธีการภายใน การประสานงานเข้าร่วมพิธีการภายนอก การต้อนรับแขกผู้มาเยือนมหาวิทยาลัย รวมทั้งการจัดกิจกรรมพิเศษตามนโยบายผู้บริหาร
กองกลางมีการทบทวนการสร้างโครงสร้างองค์กร และขออนุมัติการปรับโครงสร้างกองกลาง สังกัดสำนักงานอธิการบดี ซึ่งสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในการประชุมครั้งที่ 315(10/2566) เมื่อวันเสาร์ที่ 16 กันยายน 2566 มีมติอนุมัติการปรับเปลี่ยนโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สังกัด สำนักงานอธิการบดี ในส่วนกองกลาง สำนักงานอธิการบดี ดังนี้