กองกลาง เป็นหน่วยงานระดับกองที่จัดตั้งขึ้นตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย ปี พ.ศ. 2534 เป็นหน่วยงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี โดยเมื่อปี พ.ศ. 2534 ทบวงมหาวิทยาลัยโดยประกาศแบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร คือ กองกลาง กองกิจการนิสิต กองบริการการศึกษา และกองแผนงาน
             กองกลาง มีภารกิจหลักในการเป็นศูนย์กลางการประสานงานทั้งหน่วยงานภายในและหน่วยงานภายนอกมหาวิทยาลัย เป็นศูนย์กลางการรับส่งหนังสือราชการทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย เป็นศูนย์กลางการเผยแพร่ข้อมูลข่าวสาร การสื่อสารองค์กร และจัดพิธีการภายใน การประสานงานเข้าร่วมพิธีการภายนอก การต้อนรับแขกผู้มาเยือนมหาวิทยาลัย รวมทั้งการจัดกิจกรรมพิเศษตามนโยบายผู้บริหาร
             กองกลางมีการทบทวนการสร้างโครงสร้างองค์กร และขออนุมัติการปรับโครงสร้างกองกลาง สังกัดสำนักงานอธิการบดี ซึ่งสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในการประชุมครั้งที่ 315(10/2566) เมื่อวันเสาร์ที่ 16 กันยายน 2566 มีมติอนุมัติการปรับเปลี่ยนโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สังกัด สำนักงานอธิการบดี ในส่วนกองกลาง สำนักงานอธิการบดี ดังนี้

             1. งานสารบรรณ มีหน้าที่รับส่งหนังสือราชการทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย รับส่งหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ผ่านไปรษณีย์อิเล็กทรอนิกส์ของมหาวิทยาลัย รับส่งไปรษณีย์ จดหมาย พัสดุภัณฑ์ รวมทั้งรับผิดชอบการจัดประชุมคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย และคณะกรรมการส่งเสริมกิจการมหาวิทยาลัย
             2. งานพิธีการและกิจการพิเศษ งานพิธีการและกิจการพิเศษ มีหน้าที่จัดพิธีการภายใน การประสานงานการเข้าร่วมพิธีการภายนอก การต้อนรับแขกผู้มาเยือนมหาวิทยาลัย และกิจการพิเศษตามนโยบายผู้บริหาร รวมทั้งภาระงานเกี่ยวกับการสนับสนุนการบริหารจัดการองค์กร (Back Office) ได้แก่ การรับ-ส่งหนังสือราชการภายในกองกลาง การบริหารความเสี่ยง การประเมิณคุณภาพภายใน การเบิกจ่าย การจัดซื้อ จัดจ้าง การพัฒนาบุคลากร เป็นต้น
             3. งานประชาสัมพันธ์ งานประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่สร้างความสัมพันธ์กับประชาคมทั้งภายในมหาวิทยาลัย และภายนอกมหาวิทยาลัย เผยแพร่ข้อมูลข่าวสารผ่านสื่อชนิดต่างๆ ทั้งสื่อออฟไลน์และสื่อออนไลน์ ไปยังกลุ่มเป้าหมาย จัดทำสื่อประชาสัมพันธ์ ประสานงานกับสื่อมวลชน ตลอดจนการจัดกิจกรรมเพื่อการประชาสัมพันธ์ต่าง ๆ
             4. งานเลขานุการผู้บริหาร งานเลขานุการผู้บริหาร มีหน้าที่อำนวยความสะดวกให้แก่ผู้บริหารมหาวิทยาลัย ตรวจสอบกลั่นกรองหนังสือราชการเพื่อเสนอต่อผู้บริหาร จักทำตารางนัดหมาย ต้อนรับ อำนวยความสะดวกแก่ผู้มาพบผู้บริหาร จัดเตรียมเอกสารให้กับผู้บริหาร ติดต่อประสานงานและหาข้อมูลเพิ่มเติมตามที่ผู้บริหารมอบหมาย จัดทำเอกสารราชการต่าง ๆ ของผู้บริหารงานอื่น ๆ ตามที่ผู้บริหารมอบหมาย